La historia del Proyecto Caral se inicia en el año 1994, cuando la doctora Ruth Shady Solís y un equipo de arqueólogos realizaron una prospección arqueológica en el valle de Supe; identificaron, entre los numerosos asentamientos arqueológicos, previamente registrados por el arquitecto Carlos Williams y el arqueólogo Francisco Merino, un grupo que compartía determinadas características arquitectónicas y que carecía de cerámica.

En el año 1996 se iniciaron las excavaciones en el asentamiento arqueológico de Caral, elegido porque era uno de los más extensos, por la distribución ordenada que mostraba su traza urbana y por su variada arquitectura monumental. En el año 2001, en virtud de los resultados logrados, el Estado declaró de preferente interés nacional la investigación, registro, puesta en valor y conservación de la Ciudad Sagrada de Caral, principal asentamiento de la Civilización Caral.

Antes de las investigaciones efectuadas por el equipo conducido por la arqueóloga Ruth Shady, se conocía de la existencia de numerosos sitios arqueológicos en el valle de Supe; sin embargo, este valle no había sido investigado, quizás porque se asumió, sin mayores evidencias, que los espectaculares volúmenes arquitectónicos de los sitios estaban afiliados culturalmente al período Formativo (entre 1800 y 200 a.C.), del que se contaba con información proveniente de valles vecinos, como Casma.

Los primeros informes arqueológicos sobre Caral provienen de Paul Kosok, quien visitó el valle en 1940, como parte de un reconocimiento general emprendido sobre diversos valles de la costa.

La prospección arqueológica conducida a lo largo del valle bajo y medio de Supe, entre 1994 y 1995 bajo la dirección de Ruth Shady, hizo posible la identificación, entonces, de 18 asentamientos pertenecientes al Arcaico Tardío. Se determinaron sus características y se plantearon interpretaciones preliminares sobre el patrón de asentamiento y el sistema social.

A partir de los resultados de esta investigación, se diferenció la “Ciudad Sagrada de Caral” de los otros tres asentamientos ubicados dentro de la antigua hacienda Chupacigarro, en atención a las características arqueológicas singulares de cada uno. Se aplicó el nombre quechua tradicional del lugar: Caral, al asentamiento que mostraba una traza urbana más organizada; y se mantuvo Chupacigarro para el siguiente asentamiento ubicado al oeste. Se aplicaron los nombres de Miraya y Lurihuasi a los otros dos sitios, de la misma época, ubicados a continuación, en la misma margen izquierda del río Supe.