Muy rara vez se han encontrado entierros humanos en las excavaciones de los edificios en la Ciudad Sagrada de Caral y en los otros asentamientos del valle. Los hallados corresponden a contextos especiales, vinculados con determinados rituales. Los entierros muestran distinciones sociales, en particular, los de niños, que recibieron un tratamiento especial por estatus adscrito, pues ellos no tuvieron edad para obtener por sí mismos su posición social.

En Caral y Áspero se han recuperado evidencias de la práctica de sacrificios humanos de adultos e infantes. En el Edificio Piramidal Mayor de Caral se ha hallado el cadáver de un solo individuo adulto, puesto como parte de un ritual de enterramiento del recinto ceremonial. Estaba desnudo y había sido echado junto con el depósito de materiales, como si fuera una piedra más. También se han recuperado cráneos aislados en algunos edificios (B2 y E); ellos habrían sido depositados como ofrendas en determinados eventos constructivos.

Sepultaron cuerpos de infantes debajo de algunas paredes o en el piso de las viviendas de élite. Ellos están relacionados con la creencia que la ofrenda humana de un niño aseguraría la perduración del edificio.