El Sistema de Control Interno (SCI) es el conjunto de elementos organizacionales (Planeación, Control de Gestión, Organización, Evaluación de Personal, Normas y Procedimientos, Sistemas de Información y Comunicación) interrelacionados e interdependientes, que buscan sinergia y alcanzar los objetivos y políticas institucionales de manera armónica. En otras palabras, el Sistema de Control Interno no es un proceso secuencial, en donde alguno de los componentes que lo conforman solo afecta al siguiente, sino que es un proceso multidireccional, en el cual cada componente influye sobre los demás y todos conforman un sistema integrado que reacciona, dinámicamente a las condiciones cambiantes.

El Sistema de Control Interno consta de cinco componentes funcionales.

• AMBIENTE DE CONTROL: Son el conjunto de normas, procesos y estructuras que sirven de base para llevar a cabo el adecuado Control Interno en la entidad. Los funcionarios, partiendo del más alto nivel de la entidad, deben destacar la importancia del Control Interno, incluidas las normas de conducta que se esperan. Un buen ambiente de control tiene un impacto en todo el sistema general de Control Interno.
• EVALUACIÓN DE RIESGO: El riesgo es la posibilidad de que un evento ocurra o afecte adversamente el cumplimiento de objetivos. La evaluación del riesgo se refiere a un proceso permanente a fin de que la entidad pueda prepararse para enfrentar dichos eventos.
• ACTIVIDADES DE CONTROL: Son aquellas políticas y procedimientos establecidos para disminuir los riesgos que pueden afectar el logro de objetivos de la entidad. Para ser efectivas deben ser apropiadas, funcionar consistentemente de acuerdo con un plan a lo largo de un periodo determinado y tener un costo adecuado, que sea razonable y relacionado directamente con los objetivos del control.
• INFORMACIÓN Y COMUNICACIÓN: Es la información que necesita la entidad para llevar a cabo las responsabilidades de Control Interno que apoyen el logro de sus objetivos. La administración obtiene, genera y utiliza la información relevante y de calidad a partir de fuentes internas y externas para apoyar el funcionamiento de los otros componentes del Control Interno.
• ACTIVIDADES DE SUPERVISIÓN: Es el conjunto de actividades de autocontrol incorporadas a los procesos y operaciones de supervisión de la entidad con fines de mejora y evaluación.